Tata tertib siswa MTs Negeri Tanjung Selor :
1. Siswa wajib mengenakan pakaian seragam madrasaha
2. Siswa dilarang :
- Umum : berkuku panjang, mencat rambut dan kuku.
- Laki-laki : tidak berambut panjang, tidak bercukur gundul, rambut tidak berkuncir, tidak memakai kalung, anting-anting, dan gelang
- Perempuan : tidak memakai make-up atau sejenisnya, kecuali bedak tipis
4. Setiap siswa wajib menjaga kebersihan dan ketertiban kelas sesuai jadwal piket yang telah ditentukan
5. Setiap siswa wajib mengucapkan salam antara warga madrasah
6. Setiap siswa wajib mengikuti upacara bendera hari senin dan peringatan hari-hari besar
7. Setiap siswa wajib menjalankan Sholat Zuhur berjamaah di mushollah madrasah
8. Siswa wajib membaca surat yaasin pada setiap pagi akan menjelang belajar jam pertama secara berjamaah